La reducción drástica en erosión y escorrentía que se consigue con la Agricultura de Conservación contribuye a que los fertilizantes y productos fitosanitarios se retengan en la zona en que fueron aplicados, hasta que son utilizados por el cultivo o descompuestos en otros componentes inactivos. Así pues, las técnicas de conservación, no sólo reducen muy considerablemente la escorrentía, sino que también propician una fuerte disminución de la cantidad de abonos, herbicidas, etc., que son transportados disueltos en el agua de escorrentía o adsorbidos en el sedimento. Los estudios realizados sobre esta materia han demostrado que el transporte de herbicidas en aguas superficiales se reduce en un 70%, el de sedimentos en un 93% y la escorrentía se reduce en un 69%.

Por otro lado, cabría pensar la posibilidad de que los aumentos en la infiltración de agua de lluvia, podrían incrementar el lixiviado de nitrógeno y por herbicidas. Los estudios realizados a este respecto, muestran como la mejoras estructurales, centradas en una mejor relación entre los macro y microporos del suelo, aumentan la capacidad de retención del nitrógeno en los poros someros del suelo y facilitan la asimilación de este elemento por la planta.